Najveće postojeće crkveno učilište u Hrvatskoj jest Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu (utemeljen 1669) u sklopu kojega djeluje sedam instituta:

   • Katehetski institut,
   • Institut za crkvenu glazbu,
   • Institut za teološku kulturu laika,
   • Institut za crkvenu povijest,
   • Mariološki institut,
   • Biblijski institute,
   • Institut za ekumensku teologiju i dijalog.

Uz to KBF ima područni studij – Teologiju u Rijeci i dvije afilijacije Vrhbosansku katoličku teologiju u Sarajevu i Franjevačku teologiju u Sarajevu.
Pod pokroviteljstvom Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu djeluje i Visoka teološko-katehetska škola u Zadru.
Više o fakultetu na www.kbf.hr.

Od 1999. godine djeluje Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Splitu. Na temelju međusobnih pregovora i Ugovora o suradnji na području odgoja i kulture, sklopljena između Svete Stolice i Republike Hrvatske biskupski su Ordinariji Splitske metropolije, uime tadašnje Teologije u Splitu, a provincijal Franjevačke provincije Presvetoga Otkupitelja, uime Franjevačke teologije u Makarskoj, 30. rujna 1997., potpisali Ugovor o udruživanju i o osnivanju Katoličkoga bogoslovnog fakulteta u Splitu. Ugovor o radu KBF-a u sastavu Sveučilišta u Splitu potpisan je 9. srpnja 1999., a istoga je dana Kongregacija za katolički odgoj u Vatikanu izdala uredbu o osnivanju toga Fakulteta. Više o fakultetu na www.kbf-st.hr

Nakon molbe dijecezanskog biskupa mons. dr. Marina Srakića 7. studenoga 2003. Kongregaciji za katolički odgoj u Rimu o pastoralnoj potrebi uzdignuća Teologije u Đakovu na razinu Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Đakovu, Kongregacija je prihvatila molbu te osnovala Katolički bogoslovni fakultet u Đakovu u sastavu Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku.
Više o fakultetu na www.dj.kbf.hr.

Nadbiskup zagrebački, kardinal Josip Bozanić, 3. lipnja 2006. godine objavio je dekret Luce vera illuminata ("Istinskom svjetlošću obasjana") o uspostavi Hrvatskoga katoličkog sveučilišta sa sjedištem u Zagrebu, kao prvoga katoličkog sveučilišta u povijesti Hrvatske, na temelju višestoljetne baštine visokoga obrazovanja, koju je Katolička Crkva ostavila u hrvatskome biću. Više informacija na www.unicath.hr. 4. listopada 2010. svečano je obilježen početak prve akademske godine i nastave na Studiju povijesti HKS-a, smještenoga u prostorijama nekadašnjega vojnoga učilišta na zagrebačkom Črnomercu.

Od 1991. godine u Puli djeluje Biskupijsko misijsko neokatekumensko sjemenište unutar kojega od 1993. godine postoji i Visoka teološka škola.

U Zagrebu Družba Isusova drži Filozofsko teološki institut afiliran Papinskom sveučilištu Gregoriana u Rimu te Filozofski fakultet Družbe Isusove u sklopu Sveučilišta u Zagrebu.

U Zagrebu djeluje također Nadbiskupska klasična gimnazija s pravom javnosti koja je do 1998. bila povjerena isusovcima, a sada biskupijskim svećenicima. Pohađaju je većinom svećenički pripravnici, a od demokratskih promjena 1991. godine i ostali učenici.

U Republici Hrvatskoj postoji još jedanaest crkvenih gimnazija:
   • Nadbiskupska klasična gimnazija u Splitu,
   • Pazinski kolegij - Klasična gimnazija u Pazinu,
   • Nadbiskupska klasična gimnazija u Zadru,
   • Klasična gimnazija "Ruđer Bošković" u Dubrovniku,
   • Franjevačka klasična gimnazija u Sinju,
   • Salezijanska klasična gimanizija u Rijeci,
   • Franjevačka klasična gimnazija u Slavonskom Brodu
   • Isusovačka klasična gimnazija u Osijeku
   • Opća ženska gimnazija sestara milosrdnica u Zagreb
   • Katolička klasična gimnazija u Požegi
   • Katolička klasična gimnazija u Virovitici


Od 2008. godine u Šibeniku djeluje prva Katolička osnovna škola. 2009. godine i u Požegi je osnovana Katolička osnovna škola.