Tijekom 1991. godine, nakon raspada SFRJ, Republika Hrvatska ostvarila je svoju državno-pravnu neovisnost i samostalnost. Sveta Stolica priznala je državu Hrvatsku među prvima već 13. siječnja 1992. godine. Nakon toga, hrvatski episkopat izradio je prijedlog za ustanovljenje Hrvatske biskupske konferencije. Sveta je Stolica, dekretom od 15. svibnja 1993. utemeljila za katoličke biskupije na području Republike Hrvatske – Hrvatsku biskupsku konferenciju (HBK) odobrivši njezin statut. Za prvoga predsjednika HBK izabran je zagrebački nadbiskup i metropolit kardinal Franjo Kuharić. Statut HBK obnovljen je 5. veljače 2000. godine. Službu predsjednika HBK u dva je mandata (od 1997. - 2007. godine) obnašao zagrebački nadbiskup i metropolita kardinal Josip Bozanić. 

Na Plenarnom zasjedanju HBK u Gospiću (listopad 2007. godine) za predsjednika HBK izabran je đakovačko-osječki nadbiskup mons. Marin Srakić. Potpredsjednik HBK je kardinal Josip Bozanić.  

Hrvatsku biskupsku konferenciju čini 17 (nad)biskupija koje tvore četiri metropolije: Zagrebačku, Splitsko-makarsku, Đakovačko-osječku i Riječku, te jedna samostalna nadbiskupija: Zadarska i Vojni Ordinarijat.